Già esistente nel XV secolo, anche se le prime descrizioni della struttura risalgono al 1566, l’edificio attuale mostra le modifiche apportate negli anni Sessanta del Novecento.

Venne ricostruita nel 1641 e nel 1647 diventa parrocchia, staccandosi così da Fagnano e da Cairate e dando così un’identità anche a Bergoro. I primi interventi di restauro risalgono al 1852, poi ancora nel 1913 e nel 1918, quando fu rialzata la volta sopra l’altare maggiore e recuperato il battistero.
Nel 1960 viene presa l’importante decisione di prolungare di un terzo la navata della chiesa: viene abbattuta la facciata in calce e mattoni e si costruisce la nuova facciata in cotto, ricca di fregi tra i quali spicca la lunetta sopra il portale che raffigura “San Giovanni che battezza le genti”.

È il barone Mario Jannini Muzio di Fagnano che fonde le porte in bronzo con formelle che raffigurano la vita di San Giovanni Battista.